徐州仁慈医院外科目前实际开放床位近30张，病区环境优雅，拥有普通病房和VIP病房以满足不同人群的医疗需求。分设普通外科、胸外科及泌尿外科。

普通外科 拥有STORZ高清腹腔镜、胆道镜、强生品牌超声刀等先进设备，常规开展胃癌、结肠直肠癌、肝脏癌症、甲状腺乳腺癌根治，开展腹腔镜胰十二指肠切除等复杂高难度手术，侵及多脏器肿瘤的联合切除；复杂疑难肿瘤、后腹膜肿瘤的诊治；在抢救腹部重大创伤如胰腺断裂、肝脏破裂、脾脏破裂、各种肠破、腹腔出血等在淮海地区具有很高知名度。

泌尿外科拥有等离子电切镜、钬激光、各种型号输尿管软镜、硬镜。常规开展泌尿系统腹腔镜手术、经皮肾镜手术、输尿管软镜和硬镜手术、前列腺及膀胱癌的等离子电切术等。在抢救外伤致肾脏破裂、膀胱破裂、尿道断裂在徐州地区具有很高知名度。同时微创治疗肾脏肿瘤、膀胱肿瘤等疾病。

胸外科仁慈医院重点发展学科，科室联合急诊科、麻醉科、ICU及其他临床专业科室，开展危重、复合创伤救治；常规开展肺、食管及纵膈手术。